Muchos me hacéis esta pregunta, y lo cierto es que hay una respuesta sencilla.

Dado que en la especificación de facturae, se define la posibilidad de firmar electrónicamente las facturas con ese tipo de firma, XAdES-XL (definida en la norma TS 101 903), y que nuestra implementación ha optado por este nivel de seguridad (que consideramos el máximo), hemos desarrollado una función de comprobación gratuita en nuestro servicio Faccil.

Está en este enlace: Comprobar facturae.

Aunque el servicio hace otras comprobaciones respecto al contenido de la factura, que no serán de aplicación en otros documentos XML, es muy útil, para saber si la firma está bien.