Al intentar encontrar información sobre un aspecto que me preocupa de la aplicación de esta Ley, he dado con un artículo muy interesante escrito por la persona más directamente involucrada en su desarrollo, durante los años 2002 y 2003.
De paso, he encontrado un pequeño "kiosko virtual" en el ministerio de Industria, Comercio y Turismo, con los diferentes números de la revista Economía Industrial en formato electrónico.
El artículo de Salvador Soriano es un riguroso repaso a la Ley 59/2003, en un tono menos jurídico, pero eligiendo un lenguaje muy preciso, que no pueda dar lugar a falsas intepretaciones.
Por eso no he logrado confirmar ni desechar mi teoría sobre el tema, que expongo aquí por si hubiera algún amigo que quisiera comentar y exponer su punto de vista.
Lo que yo sostengo es que una firma electrónica es que es, ante todo, firma, y que el certificado que la acompaña es circunstancial a la firma, en el sentido de que puede reforzar presunciones hacia su reconocimiento pero no contra el.
Dicho con otras palabras: si los datos del certificado aportan algo a lo firmado, se acepta su relevancia, y si no, es como si no existieran.
Un ejemplo: supongamos que en un certificado se indica que una persona (Fulanito de Copas) es apoderada de la empresa "Aridos del Norte" y de "Bituminosos del Norte", para lo cual dispone de los poderes en papel, recién inscritos en el registro mercantil. Además acaba de obtener un "Certificado de Representante" en el que se señala la vigencia de sus poderes en Aridos. Supongamos que Fulanito trata con Menganito de Oros, apoderado, debidamente acreditado de "Carreteras del Sur", y que acuerdan la venta de Aridos y Bituminosos para la ejecución de proyectos de Carreteras. Firman un contrato en PDF con sus respectivos certificados entre Bituminosos y Carreteras, tras mostrarse su poderes. Sin embargo, Fulanito emplea para firmar el certificado en el que solo se expresa su capacidad de representación en Aridos.
¿Es válido el contrato?
Todo es electrónico 
Entiendo que sí. Que el certificado utilizado no sea el correcto no invalida el contrato ya que sigue teniendo la representación que le concede el poder (no el certificado).
Del mismo modo, si en un contrato firmado de forma presencial no se exhiben o incorporan copia de los poderes tampoco por ello deja de producir efectos. Claro que da más seguridad si las partes no se conocen, pero la representación existe (o no) en cualquier caso.
Visto al revés, si el poder se revoca y el certicado no lo contempla y se utiliza para firmar y se acepta, habrá que ir contra el prestador de servicios de certificación exigiéndole responsabilidad, pero entiendo que el contrato no puede ser válido ya que la empresa le ha retirado el poder. O, en cualquier caso, sería anulable.