En el pasado IV Congreso de Factura Electrónica y Digitalización Certificada se anunció el formato facturae 3.2.

Desde el 29 de mayo de 2009 está publicado en el portal del MITyC facturae.

El documento «Historial de versiones y modificaciones» señala las principales diferencias:

La versión 3.2 no difiere mucho de la 3.1. Sin embargo no es compatible con ésta, puesto que elimina y modifica algunos elementos de la versión anterior.
 
La versión 3.2 podrá usarse en cualquier caso y además también podrá usarse la versión 3.1 o 3.0 salvo en las siguientes circunstancias que requerirán obligatoriamente la 3.2:

• Cuando  sea  requerida  una  precisión  de  6  decimales  en  el  coste  total,  importe bruto, descuento unitario o cargo unitario. 
• Si  algún  concepto  de  la  factura  está  sujeto  a  uno  de  los  nuevos  tipos  de impuestos: REIVA, REIGIC o REIPSI. 
• Cuando sea necesario definir un código estadístico  y/o una  referencia del cliente pagador, en los datos de pago. 
• En  el  caso  en  el  que  sea  necesario  definir  el  código  SWIFT  de  una  cuenta bancaria. 
• Cuando sea necesario definir una descripción de un centro administrativo. 
•  Al crear una  factura  rectificativa y sea necesario exponer una descripción amplia del motivo de rectificación.
• Si uno de  los centros administrativos declarados lleva asociado un rol definido en esta nueva versión: Vendedor, Receptor del pago, Receptor del cobro, Emisor. 
• Cuando alguno de  los conceptos declarados en  la  factura  requieran  la definición de la fiscalidad especial, es decir, los campos fiscalidad especial y justificación de la fiscalidad especial. 
• Si al definir una cuenta bancaria, es necesario definir bien el IBAN, bien el número de cuenta. 
• Cuando se facturen conceptos medidos en metros cúbicos, segundos o vatios. 
• Si  es  necesario  definir  información  adicional  a  nivel  de  línea  de  detalle.  Esta información adicional puede ser: código de artículo,  fecha contrato emisor,  fecha pedido  emisor,  fecha  contrato  receptor,  fecha  pedido  receptor,  referencia  del expediente, fecha del expediente. 
• Si al definir un nuevo albarán, es requerido especificar la fecha del mismo. 
•  Cuando se pretende que la etiqueta que define el orden que ocupa un concepto o línea de detalle dentro de la factura sea “SequenceNumber” en lugar de la etiqueta que existía en la versión 3.1 y que podía resultar ambigua.